After Effects verwendet keine Videospuren wie in Premiere sondern einzelne Ebenen für jedes Element.
Importiert man ein Premiere-Projekt in After Effects, so wird jeder einzelne Clip und jede Blende aus dem Schnittfenster als Ebene dargestellt.
Ein Premiere-Projekt mit 50 Schnitten, also 51 Clips im Schnittfenster, 8 Blenden und 1 Audiodatei ergibt in After Effects eine Komposition mit 60 Ebenen !
Um eine möglichst übersichtliche Anordnung dieser Ebenen zu erreichen, sollten sich möglichst alle Clips in Premiere vor dem Speichern in einer Videospur befinden.

After Effects ordnet dann die Clips der Reihe nach von links unten nach rechts oben an.

Das heißt die Audiospur aus Premiere wird in After Effects die Ebene Nr.60, Clip Nr. 1 aus Premiere ist dann Ebene 59 usw.
Natürlich gibt es in After Effects umfangreiche Möglichkeiten die Ebenen umzuordnen, aber es macht schon Sinn gleich nach dem Importieren eine gewisse Ordnung vorzufinden und vor allem spart es Zeit.

Blenden aus Premiere werden in After Effects lediglich als Platzhalter ohne Funktion angezeigt und müssen, im Falle von weichen Blenden, mit Hilfe der Transparenzkurven ersetzt werden. Die Platzhalter sind dabei sehr hilfreich, weil sie die exakte Position anzeigen.

Geschwindigkeitsveränderungen aus Premiere werden von After Effects übernommen und können dort mit Hilfe der „Time Remaping“-Funktion optimiert werden. Zusätzlich sollte man die „Frame Blending“-Funktion anwenden um weichere Slowmotion-Effekte zu generieren.

Alle anderen Effekte aus Premiere werden in After Effects ignoriert.
Um einzelne Clips, die einer speziellen Nachbearbeitung bedürfen zu markieren, verwendet man Clip-Marker – diese werden auch in After Effects importiert und angezeigt.
Ebenso kann man bestimmte Positionen in der Zeitleiste mit den Schnittfenstermarken kennzeichnen – für diese legt After Effects in der Folge eine eigene Ebene an.
So kann man z.B. einzelne Bereiche definieren – das gesamte Projekt in After Effects öffnen – und nur die markierten Teilbereiche nachbearbeiten, diese in After Effects rendern und anschließend mühelos wieder an der richtigen Position in Premiere einfügen und das Projekt fertig stellen.

Hat man das alles berücksichtigt, muss man das Premiere-Projekt nur noch speichern und kann es problemlos mit dem Importieren-Befehl in After Effects als Komposition öffnen und mit der Post Produktion beginnen.