In das After Effects Projekt können die unterschiedlichsten Dateien importiert werden, von den klassische Dateien wie BMP-,Cineon-, PICT-, QuickTime,AIFF, Targa Dateien, bis zu MPEG-1, SWF, RealMedie Dateien, AVI, WAV und viele mehr.
Da After Effects eng mit Premiere zusammen arbeitet, können ebenso auch Premiere Projekte geladen werden.

Die Vektordaten der Dateien bleiben im After Effects erhalten, wenn man die Einstellung "Transformation zusammenfalten" aktiviert. . Dateien können so ohne Qualitätsverlust beliebig hoch skaliert werden. Eine Pixeldatei wurde, skaliert man sie größer, pixelig. Nähere Informationen dazu befinden sich in der Softwareschulung "Transformation zusammenfalten im After Effects".

In 3D Applikationen werden Animationen oft in Form von nummerierten Einzelbildern erstellt (z.B um Qualitätsverlust durch Videocodes zu vermeiden), diese müssen als Imagesequenzen importiert werden. Dazu wählt man das erste Bild der Sequenz an,

und aktiviert das Optionskästchen JPEG (oder TIF, TARGE..) Sequenz.

Die einzelnen Bilder werden nun in numerischer Reihenfolge importiert und als durchgehenden Clip dargestellt.

Photoshop oder Illustrator Dateien welche mehrere Ebenen beinhalten, können entweder als Kompositionen oder als Footage importiert werden.
Beim Import als Footage, öffnet sich eine Dialogbox in der gewählt werden kann, ob die Datei auf eine Ebene reduziert, oder nur einzelnen Ebenen importiert werden sollen.

Beim Import als Kompositionen wird automatisch ein Ordner mit den Ebenen und eine neue Komposition erstellt, in der die Ebenen wie in der Grafiksoftware (z.B Photoshop) angeordnet werden.

Beinhaltet eine Datei einen Alphakanal so scheint beim Importieren die Dialogbox "Footage interpretieren" auf, in der unterschiedliche Einstellungen für den Alphakanal getroffen werden können.

Ignorieren: Importiert die Informationen für den Alphakanal nicht.
Alpha umkehren: dreht den importierten Alphakanal um
Direkt - ohne Maske: importiert die Transparenzinformationen als direktes Alpha
Integriert -maskiert mit Farbe: Transparenz Informationen werden im Alphakanal und in den sichtbaren RGB Kanälen gespeichert.
Ermitteln: AE bestimmt selbst die Interpretationsmethode

Die Art des erstellten Alphakanal hängt von der Software, in der die Datei erstellt wurde, ab. In den meisten Fällten kann man jene Einstellung übernehmen die After Effekts beim interpretieren empfiehlt.

Wird ein Premiere Projekt importiert so wird auch eine Ordner mit den Materialien und das Premiere Schnittfenster als neue Komposition angelegt. In Premiere erstellte Blenden und Filter werden jedoch nicht übertragen.